Marvel Ultimate Alliance-Kale Cassette (GBA) Gebruikt

Dr. Doom heeft een nieuwe en verbeterde Masters of Evil in het leven geroepen, die een "onbekend" doel nastreven. Ze openen een aanval op de S.H.I.E.L.D. helicarrier. Nick Fury zend een noodoproep uit naar alle beschikbare supermensen. Captain America, Thor, Spider-Man en Wolverine reageren als eerste en schakelen Dooms helpers uit.

Nadat de helicarrier is gered, krijgt Nick de autoriteit van S.H.I.E.L.D. om een speciaal team van supermensen samen te stellen om de Masters of Evil te verslaan. Omdat de Helicarrier te zwaar beschadigd is, stelt Iron Man de Stark Tower beschikbaar als hoofdkwartier.

Hierna beginnen verschillende missies tegen de Masters of Evil. Zo moet de groep van helden inbreken in de S.H.I.E.L.D. Omega Basis om te voorkomen dat de Masters deze tegen een dam laten botsen, vertrekken naar Atlantis om Namor te helpen en Dr. Strange rekruteren voor het team wanneer Loki ook lid blijkt te zijn van de Masters of Evil. Langzaam wordt ook het plan van de Masters duidelijk. Zo wil Doom de mutant Nightcrawler gebruiken om naar het rijk van Mephisto te reizen, en veroveren de Masters Asgard. De helden krijgen ook onverwachte hulp van Uatu the Watcher wanneer Doom de krachten van Odin steelt. Uiteindelijk moet het team om Doom te stoppen zelfs een apparaat stelen van Galactus met behulp van Silver Surfer.

Meerdere malen in het spel moet de speler beslissingen maken, vooral betreffende het wel of niet uitvoeren van submissies. Aan het eind van het spel onthult Uatu wat deze beslissingen voor gevolg hebben op de toekomst. Ook missies niet op de juiste manier is van invloed. Bijvoorbeeld: als je als speler ervoor kiest om wel Jean Grey te redden van Doom, maar niet Nightcrawler, zal Mystique Professor X vermoorden. Maar hoe het spel ook afloopt, de toekomst houdt altijd in dat de wereld op een dag weer in gevaar zal zijn (waarschijnlijk voor een vervolgspel).